Formica paralugubris

[NicoW]

Waw! Super intéressant! Je me doutais qu'on étudiait le génome mais j'avais pas pensé à l'application du NGS car selon moi il y aurait des obstacles pouvant compliquer l'étude.
Tu dois vraiment prendre ton pieds dans cette démarche scientifique! Hâte d'avoir des updates.

[Fourmilax]

Waw! Super intéressant! Je me doutais qu'on étudiait le génome mais j'avais pas pensé à l'application du NGS car selon moi il y aurait des obstacles pouvant compliquer l'étude.

Le principal obstacle c'est mon skill en analyse informatique ! Faut dire que ça demande du monstre codage (sur le shell linux en plus) pour comprendre et traiter les données, sur des serveurs parce que c'est lourd 200 génomes complets de fourmis.

[Marmoun]

Je trouve ce sujet très intéressant. Mais je dis rien car je me sens quand même un peu largué devant un sujet si pointu.

Et quand tu parles de Linux je me revois faire mes études informatique sur Red Hat Label. Chose que je voulais oublier de mon côté. Je le supportais pas.

On peut voir des supers colonies de ce genre en Alsace ? Car ce genre de nid me rappel des souvenirs enfant. Je passais beaucoup de temps en forêt à cet époque. Pfff mon innocence me manque... Mais c’était peut être juste des grosses colonies.

Édit : la marabunta. J’avais pas capté le sens du mot. D’accord.

[NicoW]

Le principal obstacle c'est mon skill en analyse informatique ! Faut dire que ça demande du monstre codage (sur le shell linux en plus) pour comprendre et traiter les données, sur des serveurs parce que c'est lourd 200 génomes complets de fourmis.

C'est un travail titanesque je préfère ne même pas imaginer! Tu dois avoir une chance énorme d'avoir accès à ces machines de pointe pour tes recherches! Tu comptes aboutir à une publication d'un article scientifique ou tu vas garder se sujet pour un mémoire/thèse?

[Marmoun]

Cela serait sympa de partager cela. Des génomes de fourmis ? Tu fais ça de quelle façon ?
Un peu comme l’ADN ?
Ou c’est juste des informations visuelles ?

[Bunz]

Waw! Super intéressant! Je me doutais qu'on étudiait le génome mais j'avais pas pensé à l'application du NGS car selon moi il y aurait des obstacles pouvant compliquer l'étude.

Le principal obstacle c'est mon skill en analyse informatique ! Faut dire que ça demande du monstre codage (sur le shell linux en plus) pour comprendre et traiter les données, sur des serveurs parce que c'est lourd 200 génomes complets de fourmis.

Hello
Je ne sais pas si cette base est partageable...

Mais je sais juste que les données et leur gestion, c'est ma vie...

[Fourmilax]

Cela serait sympa de partager cela. Des génomes de fourmis ? Tu fais ça de quelle façon ?
Un peu comme l’ADN ?
Ou c’est juste des informations visuelles ?

Le génome de tous les être vivants sur terre (sauf certains Virus mais beaucoup ne les considèrent pas comme des être vivants...) est fait d'ADN, les fourmis aussi ! On utilise les mêmes méthodes pour savoir comment les fourmis sont apparentées que pour trouver les gènes que nous ont laissé les cousins Neandertal, pour connaître les variants du Covid 19 ou pour savoir que Gégé est 3% scandinave et a 78% de chances d'avoir une cirrhose du nez avec un test 23andme.

Quand à le partager... C'est pas si facile... C'est pas comme si on avait un PDF de 300 000 000 ATCG pour chaque fourmi... "Ah tu fais de la génétique ? cite tous les gènes ". Mais voici la référence de l'article de la team qui a assemblé le génome de référence d'une fourmi des bois (un mâle hybride des espèces Formica aquilonia et F. polyctena) pour les curieux:

Pierre Nouhaud, Jack Beresford, Jonna Kulmuni, Assembly of a Hybrid Formica aquilonia × F. polyctena Ant Genome From a Haploid Male, Journal of Heredity, Volume 113, Issue 3, May 2022, Pages 353–359, https://doi.org/10.1093/jhered/esac019